头孢克肟不良反应大多短暂而轻微。最常见者为胃肠道反应，其中腹泻16％，大便次数增多6％，腹痛3％，恶心7％，消化不良3％，腹胀4％；发生率低于2％的不良反应有皮疹，荨麻疹，药物热，瘙痒，头痛，头昏。实验室异常表现为一过性ALT，AST，ALP，LDH，胆红素，BUN，Cr升高，血小板和白细胞计数一过性减少和嗜酸性粒细胞增多，直接Coombs试验阳性等。