1.过敏应：这与用量无关，而且不论内服、外用均可引起，主要表现为药疹，也有出现喉头水肿者，严重者会出现过敏性休克故有过敏体质者应慎用。2.子宫收缩：这是因为六神丸中含有麝香所致，孕妇应禁用。3.脱毛：有报道因口服、外敷六神丸还含有雄黄，故不宜与多酶丸及胃蛋白酶合用，否则会使药物降效或失效，更不宜与阿托品等联用，否则会促使雄黄氧化，增加毒性反应。六神丸性香燥，易败胃，故宜饭后服用。凡脾胃不足、身体虚弱者应慎用或禁用。