头孢克肟不良反应大多短暂而轻微。最常见者为胃肠道反应，其中腹泻16%，大便次数增多6%，腹痛3%，恶心7%，消化不良3%，腹胀4%；发生率低于2%的不良反应有皮疹，荨麻疹，药物热，瘙痒，头痛，头昏。实验室异常表现为一过性ALT，AST，ALP，LDH，胆红素，BUN，Cr升高，血小板和白细胞计数一过性减少和嗜酸性粒细胞增多，直接Coombs试验阳性等。