应用头孢唑林的不良反应发生率低，静脉注射发生的血栓性静脉炎和肌内注射区疼痛均较头孢噻吩少而轻。药疹发生率为1.1%，嗜酸性粒细胞增高的发生率为1.7%，单独以药物热为表现的过敏反应仅偶有报告。本品在实验动物中可产生肾小管损害。本品与氨基糖苷类抗生素合用是否能增加后者的肾毒性尚不能肯定。临床上本品无肝损害现象，但个别病人可出现暂时性血清氨基转移酶，碱性磷酸酶升高。肾功能减退病人应用高剂量（每日12g）的头孢唑林时可出现脑病反应。白色念珠菌二重感染偶见。