奥美拉唑肠溶胶囊耐受性良好，常见不良反应是腹泻，头痛，恶心。腹痛，胃肠胀气及便秘。偶见血清氨基转移酶（ALT，AST）增高。皮疹。眩晕，嗜睡，失眠等。这些不良反应通常是轻微的。可自动消失。与剂量无关。长期治疗未见严重的不良反应。但在有些病例中可发生胃煔膜细胞增生和萎缩性胃炎。