与庆大霉素相似，耳毒作用与卡那霉素更相似，肾功能减退患者应减量或延长给药间隔。本品的耳毒性和肾毒性与卡那霉素相近，故肾功能减退者，脱水者，老年患者及使用强效利尿剂的患者应慎用或减量。其他副作用尚有恶心，呕吐，头痛，药物热，关节痛，贫血及肝功能异常等。个别病人出现过敏性休克。 配备好的阿米卡星注射液可有听力及肾损害.可引起胃肠道反应：恶心,呕吐,食欲不振,腹胀,腹泻.个别病例有药热,皮疹,肌肉震颤,麻木,关节痛,嗜酸性粒细胞增多.可引起肝损害,贫血,血压下降.长期使用,可引起二重感染.