国内二，三期临床试验显示，在共计509例细菌性结膜炎患者采用0.3%的甲磺酸帕珠沙星滴眼液治疗后，共有七例发生不良反应（发生率,1.5%），主要表现为眼局部的刺痛感，烧灼感，眼痒等，程度为中度。试验中未发现有全身不良反应。