临床试验表明，最常见的是头痛和胃肠道症状如：腹泻、恶心、便秘、发生率均在1～3％。有报道发现个别病例有史蒂文斯－约翰逊综合症及中毒性上皮坏死，但未确定有因果关系。临床试验提示，奥美拉唑与克拉霉素联合用药可增加中枢神经系统（主要是头痛）及胃肠道不良反应的发生率。长期治疗在有些病例中可发生胃粘膜细胞增生和萎缩性胃炎。