去铁酮最常见不良反应是淡红色/棕色尿，是由于铁-去铁酮复合物的排出所致。一般不良反应包括：恶心，呕吐，腹痛和食欲增强。多在服用去铁酮治疗的早期出现，且大多数患者在继续治疗数日或数周后缓解。对一些患者，可先降低去铁酮服用剂量然后再升高至75mg/kg/天是有益的。有服用去铁酮的患者出现关节症状的报告。关节症状从一个到多个关节的轻度疼痛直至严重的关节炎。多数患者在继续治疗后上述症状自行缓解。有服用去铁酮的患者出现谷丙转氨酶(ALT)增高的情况。绝大多数患者的ALT增高是无症状的和一过性的，在未停药也未降低去铁