多数病人在治疗过程中无任何不良反应。用药数次后，临床上可能出现的不良反应多为轻，中度局部皮肤炎症反应，如红斑，水肿，糜烂，溃疡，脱屑，灼热，疼痛，瘙痒等；偶有短暂低热，以上症状停药后均能迅速消除。如反应轻微，可继续用药；若反应严重应及时停药并就医。 据国外资料报道，约超过1%的患者可能发生与咪喹莫特乳膏可能有关的不良反应，包括：用药部位不适：疣体部位反应(灼烧，色素沉着，发炎，瘙痒，疼痛，皮疹，敏感，溃疡，刺痛，压痛)；疣体周边部位反应(出血，灼烧，瘙痒，疼痛，压痛)；全身反应：疲劳，发热，流感样症状