使用己酮可可碱后常见的不良反应有头晕,头痛,厌食,腹胀,嗳气,消化不良,恶心呕吐等;较少见得不良反应有心血管系统:血压降低,呼吸不规则,水肿;神经系统:焦虑,抑郁和抽搐;消化系统:厌食,口干,口渴,便秘:皮肤血管性水肿,指甲发亮,皮疹:视力模糊,结膜炎,中央盲点扩大,以及味觉减退,唾液增多,白细胞减少,肌肉酸痛,颈部腺体肿大及体重改变等。偶见的不良反应:心绞痛,心率不齐;黄疸,肝炎,肝功能异常,再生不良性贫血和白血病等。罕见皮肤或全身过敏反应,如瘙痒,皮疹及血管神经性水肿,停药后一般很快消失。偶然情况下,