许多与环孢素治疗有关的副作用呈剂量依赖性，并在剂量降低后减退。所有适应症的不良反应范围基本一致，仅在发生率和严重程度上有所不同。由于用于移植的适应症起始剂量更大，维持治疗所需时间更长，故移植受者的不良反应较其它适应症患者治疗时更常见和更严重。