最常报告的与氯膦酸盐有关的不良反应为胃肠道反应,如恶心，呕吐和腹泻。有至多10%的患者发生。但这些反应通常很轻微,且多发生于大剂量时。氯磷酸二钠治疗曾偶尔引起甲状旁腺素和转氨酶血清浓度升高。这些变化通常是一过性的且极少超过实验室参考范围的二倍。亦曾报告有碱性磷酸酶血清浓度的改变及无症状的低钙血症。此外,有报告个别病例还发生了类似于过敏反应的呼吸功能损害或已有阿司匹林过敏哮喘的患者的呼吸功能损害,以及皮肤反应。曾有可逆性蛋白尿，血清肌酐升高和肾功能障碍的报告。但是,因为大多数患者都已到了疾病晚期,所以尚不能