使用恩氟烷麻醉过深时，尤其伴有过度通气时，可引起以肌张力过高为特点的强直性肌痉挛。以恩氟烷进行诱导时，报道过有低血压和呼吸抑制的发生，在开始手术刺激后自行消失。清醒时恶心呕吐的发生率与恩氟烷之间的相关性比与其他大多数麻醉药的相关性均弱。偶见呃逆和呕吐的发生。极少病例出现一过性心律失常。有些患者在使用恩氟烷后偶见血糖轻度增高，所以将恩氟烷用于糖尿病患者应慎重。有报道患者使用恩氟烷后白细胞数目增加，但尚未明确白细胞数目的增加时与使用恩氟烷有关还是与手术刺激有关。