盐酸格拉司琼常见的副作用为头痛，倦怠，发热，便秘及胃肠道紊乱,偶有短暂性无症状转氨酶活性增加。上述反应轻微,一般无需特殊处理。过敏反应少见,罕有过敏性休克。服用口腔崩解片剂型可感觉口腔发干,有粘稠感。