1.肾毒性:奈替米星引起的肾脏不良反应为1000人中有7例。可表现为血清肌酐值上升，并可能伴随尿量减少;尿中出现肾小管管型细胞或蛋白质;血尿素氮 值上升或者是肌酐清除率下降。这些不良反应在老年人，有肾脏损害病史的病人，接受长时期或者超过推荐剂量的药物治疗的病人身上发生的更加频繁。虽然，在氨 基糖苷类抗生素治疗后可能会发生永久性的肾损害，我们观察到的由奈替米星引起的肾损害通常是轻度﹑可逆的，并且是在治疗结束后在药物被排泄时发生的。 2.神经毒性:有关于对听觉神经和第八对颅神经的前庭分支有副作用的报道。