乙胺嗪本身的毒性甚低，偶可引起食欲减退，恶心，呕吐，头晕，头痛，乏力，失眠等。 治疗期间的反应多由于大量微丝蚴和成虫杀灭后释放异性蛋白所致，可有畏寒，发热，头痛，肌肉关节酸痛，皮疹，瘙痒等。偶见过敏性喉头水肿，支气管痉挛，暂时性蛋白尿，血尿，肝肿大和压痛等。 成虫死亡后尚可引起局部反应如淋巴管炎，淋巴结炎，精索炎，附睾炎等，并出现结节。马来丝虫病患者出现的反应常较班氏丝虫病者为重，血中微丝蚴数多者反应也较重。盘尾丝虫病患者反应亦较严重。