骨髓抑制较严重，白细胞及血小板最低时间分别为第14日及第8日，恢复至正常时间约需1～2周。血尿是剂量限制毒性，当异环磷酰胺剂量超过2.2g/平方米时更易发生，给予巯乙磺酸钠后，肉眼血尿的发生率下降至2%。肾毒性发生率为6%，与异环磷酰胺/巯乙磺酸钠的剂量及输注时间有关，过去肾功能受损，一侧肾切除的病例肾毒性增加，应用异环磷酰胺后血清的尿素氮，肌酐增加及肌酐清除率下降为可逆的。中枢神经系统发生率为20%，典型症状为嗜睡，昏睡，定向力障碍及幻觉，个别可出现昏迷。