盐酸托烷司琼通常耐受性良好，推荐剂量下的不良反应为一过性。最常报道的不良反应为5mg应用引起的便秘（11%）。这些不良反应在慢代谢者中比正常代谢者更为常见。其他常见的不良反应有头痛，头昏，眩晕，疲劳和胃肠功能紊乱如腹痛和腹泻等，也有虚脱，晕厥和心跳停止的个案报道；但尚不能确定与盐酸托烷司琼的因果关系，也有以下一种或多种Ⅰ型变态反应的个案报道：面部潮红和/或全身疯疹，胸部压迫感，呼吸困难，急性支气管痉挛和低血压。