头孢尼西通常耐受较好，最常见的不良反应为肌肉注射时的疼痛感。发生率大于1%的不良反应有： 注射部位反应：疼痛不适，静脉注射部位烧灼感，静脉炎； 血液系统：血小板增加，嗜酸性粒细胞增多； 肝功能实验室检查异常：碱性磷酸酶增加，血清转氨酶（ALT，AST）增加，乳酸脱氢酶（LDH）增加，谷氨酰胺转肽酶（GGTP）增加； 发生率小于1%的不良反应有： 过敏反应：发热，皮疹，荨麻疹，瘙痒，红斑，肌痛，变态反应，Stevens-Johnson综合征等； 胃肠道：恶心，呕吐，腹泻，伪膜性结肠炎； 血液系统：白细胞减少