常见胃肠道不适，如厌食，恶心，腹痛和便秘。较少见的副作用包括头痛，可逆性氨基转移酶升高，月经紊乱，头晕和过敏反应(如瘙痒，红斑，风团和血管性水肿)。有个例报告出现了Stevens-Johnson综合症(重症多形型红斑)。已有潜在病理改变并同时接受多种药物治疗的大多数患者，在接受伊曲康唑长疗程治疗时可见低血钾症，水肿，肝炎和脱发等症状。有个例报告出现了外周神经病变，但是否与服用伊曲康唑有关还不能肯定。