克拉霉素耐受性较好。曾有报道暂时性中枢神经系统的副作用包括：眩晕，头昏，焦虑，失眠，恶梦，耳鸣，干扰，定向障碍，幻觉，精神障碍和人格障碍。曾有一名双极障碍病史的患者在服用8g克拉霉素后，出现精神状态的改变，偏执狂行为，低钾血症和低氧血症。也曾有报道嗅觉改变，通常和味觉颠倒联系起来。曾报道了用药后听觉丧失，而停药后恢复的病例。其它副作用包括：头痛，关节痛，肌痛和变态反应，从风疹，轻度皮疹和血管神经性水肿到过敏反应和很少见的Stevens-johnson综合症/毒性皮坏死活离。