对不良反应的评价基于4项全球的临床试验：AI463014，AI463022，AI463026，AI463027以及3项在中国进行的临床试验（AI463012，AI463023，AI463056）。在这7项研究中，共有2596位慢性乙肝患者入选。在与拉米夫定对照的研究中，恩替卡韦与拉米夫定的不良反应和实验室检查异常情况相似。在国外进行的研究中，本品最常见的不良反应有：头痛，疲劳，眩晕，恶心。拉米夫定治疗的患者普遍出现的不良反应有：头痛，疲劳，眩晕。在这4项研究中，分别有1%的恩替卡韦治疗的患者和4%拉米夫定