在莫西沙星的临床试验中，绝大多数的不良反应为轻中度（大于90%），由于不良反应导致不能使用莫西沙星治疗的病人为3.6%。根据莫西沙星的临床试验总结出的常见不良反应（其相关程度分为很可能，可能和无法评估）列表如下：发生率≥1%且<10%：全身症状：腹痛，头痛，消化系统：恶心，腹泻，呕吐，消化不良，肝功能化验异常，　特殊感官：味觉倒错，神经系统：眩晕，心血管系统：合并低钾血症的患者QT间期延长。发生率≥0.1%且<1%：全身症状：乏力，念珠菌病，疼痛，不适，胸痛，心血管系统：心动过速，高血压，心悸