氯膦酸盐最常报告的不良反应是胃肠道反应，如恶心，呕吐和腹泻。大约最多有10%患者发生。但这些反应通常很轻微，并且在高剂量更常见。氯磷酸二钠治疗曾偶尔引起甲状旁腺激素和转氨酶血清浓度升高。这些通常为一过性的改变极少超过实验室参考范围的两倍以上。曾报告有血清碱性磷酸酶浓度改变及无症状的低钙血症。此外，个别病例还发生了类似于过敏反应或阿司匹林过敏哮喘患者的呼吸功能损害，以及皮肤反应。曾有可逆性蛋白尿，血清肌酐升高和肾功能障碍报告。但是，因为大多数患者都已是疾病晚期，所以还未证实氯膦酸盐治疗在肾功能障碍中的病因性