在已经进行的临床试验中,盐酸关附甲素的不良反应较少并轻微。最常见的是口唇，舌，口周，手发麻,发生率3.0～17.1%;其次为头晕，头痛，恶心,发生率1.0～3.9%;静脉注射处发麻，疼痛,发生率0.7～2.0%。其它的不良反应发生率均小于2%,多数不足1%,包括胸闷，心前区不适;发热感,面部潮红;乏力;室上性心动过速终止后出现窦性心动过缓,窦停,I度房室阻滞,交界区逸搏;血压下降;腹泻;颈项硬感;皮疹。