头孢克肟不良反应大多短暂而轻微。最常见者为胃肠道反应，其中腹泻16％、大便次数增多6％、腹痛3％、恶心7％、消化不良3％、腹胀4％；发生率低于2％的不良反应有皮疹、荨麻疹、药物热、瘙痒、头痛、头昏。实验室异常表现为一过性ALT、AST、ALP、LDH、胆红素、BUN、Cr升高，血小板和白细胞计数一过性减少和嗜酸性粒细胞增多，直接Coombs试验阳性等